Le seul truc pour avancer c'est de regarder dans les logs de compil de GEM, voir ce qui cloche, ou qu'est ce que retourne le ./configure etc.
Ce qui m'étonne un peu c'est que de mon côté je n'ai pas d'erreurs de compil..., qu'a priori sur le pd-list j'en ai pas vu récemment non plus, ni de retours à propos de gem qui se charge pas (à part un truc avec osx : la compil marche uniquement si on force l'architecture en 32bits). Bref, un peu étrange...
Si tu peux, colles les logs de compilation sur pastebin qu'on puisse y jeter un œil... Pis aussi dans le genre démarre pd depuis une console avec l'option -v qu'on voit ce qui se passe, et en dernier ressort  colles lui un débuggeur genre gdb :
$ gdb
puis dans le shell du debuggeur :
$ exec-file pd
$ run pd